นพ.ธีระเกียรติ กล่าวว่า ขอให้ทำความเข้าใจกันก่อนว่า สถาบันคุรุพัฒนา มีหน้าที่รับผิดชอบดูแลทางด้านวิชาการและทำหน้าที่ตรวจสอบว่าหลักสูตรทั้งหมดนั้น มีหลักสูตรใดที่ผ่านมาตรฐานและสามารถนำไปใช้ได้บ้าง ส่วนสำนักพัฒนาครูและบุคลากรทางการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สคพ.) สังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สพฐ.) มีหน้าที่ควบคุมเรื่องงบประมาณ มีอำนาจตัดสินใจในการจะซื้อหลักสูตรก่อน ซึ่งเป็นการกลั่นกรองต่อจากสถาบันคุรุพัฒนาอีกชั้นหนึ่งในฐานะผู้จ่ายเงิน
โดยโครงการคูปองพัฒนาครู เป็นการบริหารจัดการงบประมาณของ สพฐ.เองทั้งหมด ไม่ได้มีการจัดสรรงบประมาณจากส่วนกลางเพิ่มเติมให้ จึงต้องมีเกณฑ์ในการเลือกหลักสูตรที่เสนอมาอย่างยุติธรรม
"ทั้งนี้ ต้องไปดูว่าปัญหาคืออะไร เพราะครูส่วนใหญ่ได้เข้าระบบไปแล้วกว่า 3,383,811 ครั้ง ผ่านการลงทะเบียนไปแล้ว 256,925 ที่นั่ง และผ่านการอนุมัติจากผู้อำนวยการโรงเรียนแล้ว 244,962 ที่นั่ง (ข้อมูล ณ วันที่ 3 มิ.ย.2561) ซึ่งแสดงให้เห็นว่าครูส่วนใหญ่ได้รับประโยชน์และลงทะเบียนเรียบร้อยแล้ว แต่กลุ่มที่ออกมาเรียกร้องเป็นกลุ่มเล็ก ๆ ที่สถาบันคุรุพัฒนาไม่ให้หลักสูตรผ่าน จึงออกมาเคลื่อนไหวว่าโครงการนี้ไม่ดี จึงอยากขอให้ไปทำความเข้าใจเกี่ยวกับขั้นตอนการอนุมัติหลักสูตรและเรื่องงบประมาณ ส่วนข้าราชการครูและนักวิชาการหลายท่านที่คิดว่าโครงการนี้ได้ประโยชน์ ก็ควรออกมาพูดเพื่อสร้างความเข้าใจให้กันและกัน หากดูแล้วโครงการไม่ดีจริง พร้อมที่จะยกเลิกได้ เพราะไม่ได้ยึดติดอะไรอยู่แล้ว" นพ.ธีระเกียรติ กล่าว